本發(fā)明屬于分子育種，尤其涉及一種鑒定桃果肉顏色的indel標(biāo)記及其相關(guān)應(yīng)用。
背景技術(shù)：
1、桃種質(zhì)資源按照果肉顏色主要分為白肉、黃肉和紅肉。其中紅肉桃中豐富的花色苷不僅賦予紅肉桃鮮艷的果實(shí)色澤，還因具備強(qiáng)抗氧化能力而在清除體內(nèi)自由基、抗腫瘤、防止心血管硬化等方面對(duì)人體健康發(fā)揮重要的調(diào)節(jié)作用，因此紅肉桃成為育種家和消費(fèi)者青睞的對(duì)象。但是目前生產(chǎn)中紅肉桃所占的比重較小，這既和紅肉桃本身在外觀和風(fēng)味上存在的缺陷有關(guān)，還與紅肉性狀遺傳的復(fù)雜性有關(guān)。
2、桃紅肉性狀的遺傳主要分為顯性遺傳的紅肉性狀(dbf_，dominantblood-flesh)和隱性遺傳(bf,blood-flesh)的紅肉性狀。現(xiàn)有技術(shù)利用ssr標(biāo)記構(gòu)建遺傳連鎖圖譜，將紅肉顯性基因dbf定位于第5連鎖群頂端，位于ssr標(biāo)記amp-pg157和amppg178之間，匹配桃基因組scaffold_5(442159-947234)。隨后，又有學(xué)者利用“大紅袍”和“曙光”(黃色果肉)雜交群體，將控制紅色果肉的顯性位點(diǎn)，定位于lg5上的wps19和wps32之間的3.2cm區(qū)域內(nèi)，并結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)確定控制桃果肉紅色性狀的關(guān)鍵基因ppbl，該基因可以與ppnac1結(jié)合成二聚體，上調(diào)ppmyb10.1表達(dá)，導(dǎo)致果肉中花色素苷含量上升，果肉呈現(xiàn)紅色。后經(jīng)研究，通過對(duì)紅肉桃品種“天津水蜜”進(jìn)行基因組組裝及注釋，從基因組層面鑒定到ppbl啟動(dòng)子區(qū)域存在一個(gè)轉(zhuǎn)座子插入blood-te，且該轉(zhuǎn)座子與紅肉性狀共分離。另有學(xué)者利用“harrowblood”的s1、s2、f1、f2f3、bc1p1和bc1p2群體進(jìn)行了紅肉性狀的遺傳規(guī)律分析，發(fā)現(xiàn)桃紅肉性狀受隱性基因bf控制，且該類型紅肉性狀與葉背中脈紅的性狀相連鎖，也與較弱的樹勢(shì)相連鎖。也有人利用‘harrowblood’בokinawa’的f2群體，將來源于“harrowblood”的bf位點(diǎn)定位于第4連鎖群上端(標(biāo)記c41h上10.3cm處)?，F(xiàn)有技術(shù)中也曾利用“sanguinechanas”דo’henry”的f2群體，構(gòu)建了f2單株‘1173’遺傳連鎖圖譜，并將bf基因定位于第4連鎖群的snp_iga_386619和snp_iga_387198之間，匹配桃基因組scaffold_4(4212145-4523432)。另外這兩種類型的紅肉桃在花色苷的積累時(shí)間上也存在差異，其中dbf類型在果實(shí)成熟前花色苷開始猛烈增加，在果實(shí)成熟時(shí)達(dá)到最大。而bf類型則相反，其果實(shí)中的花色苷在發(fā)育中期開始積累，果實(shí)成熟前則有所下降。
3、目前生產(chǎn)上所用的紅肉桃育種材料以dbf_型為主，但是調(diào)控該類型的桃果實(shí)顏色的轉(zhuǎn)錄因子ppbl同時(shí)能夠促使果實(shí)早熟，因此該類型桃的成熟期集中在6月中旬至7月初。而bf類型的紅肉桃其成熟期可延續(xù)至7月底至8月初，加大該類型紅肉桃在育種中的應(yīng)用，不僅可以為消費(fèi)者提供種類豐富的紅肉桃產(chǎn)品，更重要的是有助于延長紅肉桃的供應(yīng)周期。但是，目前缺乏鑒定bf類型紅肉桃果肉顏色分子標(biāo)記。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)的不足，本發(fā)明提供的能夠鑒定桃果肉顏色的indel標(biāo)記將有助于紅色果肉桃子選擇育種的發(fā)展，可以快速準(zhǔn)確地根據(jù)育種目標(biāo)進(jìn)行選擇，還可以有效調(diào)控紅色果肉的桃子的供應(yīng)周期。
2、為了實(shí)現(xiàn)上述發(fā)明目的，本發(fā)明提供了以下技術(shù)方案：
3、本發(fā)明提供了一種鑒定桃果肉顏色的indel標(biāo)記，所述indel標(biāo)記的位置為prunus_persica_v2.0?chr4：4,329,938～4,329,947位處；
4、在本發(fā)明中，缺失位點(diǎn)兩端序列信息如下所示：
5、
6、斜體下劃線部分為紅肉桃中缺失的9bp。
7、本發(fā)明還提供了一種用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述indel標(biāo)記的引物，所述indel標(biāo)記的引物的核苷酸序列如seq?id?no.1所示和seq?id?no.2所示；
8、
9、本發(fā)明還提供了一種用于檢測(cè)上述indel標(biāo)記的試劑盒，所述試劑盒包含上述的引物。
10、本發(fā)明還提供了上述的indel標(biāo)記、上述的引物或上述的試劑盒在桃育種的應(yīng)用。
11、本發(fā)明還提供了上述的indel標(biāo)記、上述的引物或上述的試劑盒在鑒定桃果肉顏色中的應(yīng)用。
12、本發(fā)明還提供了一種鑒定桃果肉顏色的方法，包括如下步驟：以待測(cè)桃基因組dna為模板，利用上述的引物進(jìn)行pcr擴(kuò)增得到擴(kuò)增產(chǎn)物；
13、當(dāng)擴(kuò)增產(chǎn)物的兩條條帶長度均為121bp，或者一條條帶長度小于121bp另一條條帶長度為121bp時(shí)，所述桃果肉顏色為非紅肉；
14、當(dāng)擴(kuò)增產(chǎn)物的兩條條帶均小于121bp時(shí)，所述桃果肉顏色為紅色。
1.一種鑒定桃果肉顏色的indel標(biāo)記，其特征在于，所述indel標(biāo)記的位置為prunus_persica_v2.0?chr4：4,329,938～4,329,947位處。
2.一種用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述indel標(biāo)記的引物，其特征在于，所述indel標(biāo)記的引物的核苷酸序列如seq?id?no.1所示和seq?id?no.2所示。
3.一種用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述indel標(biāo)記的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包含權(quán)利要求2所述的引物。
4.權(quán)利要求1所述的indel標(biāo)記、權(quán)利要求2所述的引物或權(quán)利要求3所述試劑盒在桃育種的應(yīng)用。
5.權(quán)利要求1所述的indel標(biāo)記、權(quán)利要求2所述的引物或權(quán)利要求3所述試劑盒在鑒定桃果肉顏色中的應(yīng)用。
6.一種鑒定桃果肉顏色的方法，其特征在于，包括如下步驟：以待測(cè)桃基因組dna為模板，利用權(quán)利要求2所述的引物進(jìn)行pcr擴(kuò)增得到擴(kuò)增產(chǎn)物；